蛋白质集合生成-VAE

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Protein Ensemble Generation Through Variational Autoencoder Latent Space Sampling 通过变分自动编码器潜在空间采样生成蛋白质整体 https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jctc.3c01057 简单翻译发 摘要： 确定对功能有贡献且可以成为小分子药物靶点的蛋白质构象的集合仍然是一个重大挑战。在这里，我们探索了使用变分自动编码器来减少蛋白质结构集合生成问题中的维度挑战。我们将高维蛋白质结构数据转换为连续的、低维度表示，通过一个结构质量度量指导在这个空间中进行搜索，然后利用RoseTTAFold根据抽样的结构信息生成3D结构。我们使用这种方法为与癌症相关的蛋白质K-Ras生成集合，将VAE训练在可用的K-Ras晶体结构和MD模拟快照的子集上，并评估接近保留的晶体结构的采样程度。我们发现，我们的潜在空间采样程序能够快速生成具有高结构质量的集合，并且能够在保留的 ………………………………