癌症和癌旁的差异基因能在单细胞层面区分上皮细胞的恶性与否吗

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前面在这个笔记： 为什么胃癌并不使用拷贝数来判断恶性的肿瘤上皮细胞呢 ，我提到了对于胃癌来说，它跟其它上皮细胞来源的癌症有一点点不一样的地方是，它的上皮细胞相对于免疫细胞或者间质细胞来说没有那么的恶性。所以我们推荐 走inferCNV流程的时候只需要针对上皮细胞即可 ，这样的话可以比较清晰的看到我们的 定义的上皮细胞里面混入了淋巴系和髓系免疫细胞，以及 正常个体来源的上皮细胞 ，这3个群都是拷贝数相对来说比较低的。 也就是说， 来源于normal样品的上皮细胞以及少量来源于其它癌症样品的上皮细胞，组合成为了一个可能的normal上皮细胞亚群，而它又恰好是被我们的inferCNV流程推断成为了拷贝数比较低的亚群： 虽然我们对每个上皮细胞都是进行了inferCNV打分，但实际上我们并没有使用这个inferCNV打分来探索最佳阈值去划 ………………………………