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题记:何如细嚼?且慢。论人参果的吃法。 本文是“小王随笔”详解AlphaFold3算法的首篇,详细展现 “输入嵌入”(Input embeddings) 的算法细节。具体而言,本文涉及AF3论文补充材料的算法1 – 5、7、23 – 26。 本文的目的是按AF2论文的补充材料所使用的数据流展示标准,绘制AF3的算法流程图,在此过程,详细说明AF3如何嵌入含多种化学实体的输入数据。 本文所示的AF2风格的AF3流程图均为小王绘制。 下面开始正文。 相信希望仔细阅读AF3论文和补充材料的人都意识到,AF3的论文补充材料相较AF2的论文补充材料而言,缺少配图 —— AF2的论文补充材料中,几乎每一个算法都有配图来直观展现数据流和变换操作。但是,AF3仅算法8(MSA模块)有AF2风格的流程图。 缺少流程图,一定程度上,给理解AF3算法造成了困难。另一方面,缺少流程图也在直观上弱化了A
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