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147_单细胞联合eQTL-pQTL分析发文思路(实操版)课程已上线,没有领取的赶紧领取一下

生信狂人团队  · 公众号  ·  · 2024-10-18 09:53
    

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上次分享了单细胞在eQTL-pQTL数据挖掘中的应用,很多人弄清楚了单细胞分析在 eQTL-pQTL数据挖掘中的验证,但是利用单细胞分析筛选靶点基因还是不会操作,找不到切入点,所以这次我们重点分享一下将单细胞分析放在最前面,利用单细胞分析作为切入点,再联合eQTL、pQTL数据挖掘分析的发文思路。 单细胞联合eQTL-pQTL分析思路和步骤: 1、从GEO数据库上下载单细胞数据 2、数据过滤与标准化处理 3、线性降维与细胞聚类PCA 4、细胞非线性降维t-SNE、UMAP 5、寻找marker基因 6、细胞类型注释 7、特定细胞表达的差异分析 8、差异基因的功能分析 9、差异基因批量eQTL MR分析 10、pQTL验证上述eQTL结果 11、可以考虑用共定位或者基础实验验证 12、结果的可视化 从GEO数据库上下载单细胞数据 数据过滤与标准化处理 线性降维与细胞聚类PCA 细胞非线性降维t-SNE、UMAP 寻找 ………………………………

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