HiC-Pro: Hi-C数据预处理高效工具

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HiC-Pro是一个高效率的Hi-C数据预处理工具，能够应用于dilution Hi-C, in situ Hi-C, DNase Hi-C, Micro-C, capture-C, capture Hi-C 和 HiChip 这些数据中。 HiC-Pro的工作流程如下, 简单的说就是先双端测序各自比对，然后进行合并，根据合并的结果筛选有效配对。之后有效配对用于构建contact maps. 安装方法 HiC-Pro依赖于如下的软件 Bowtie2(>2.2.2), 用于序列比对 Python2.7, 并安装 Pysam, bx-python, numpy, scipy R, RColorBrewer + ggplot2 samtools > 1.1 GNU sort, 支持 -V， 按照version进行排序 为了保证环境的干净，我用conda进行了一个环境进行安装 conda create - y -n hic- pro python = 2.7 pysam bx- python numpy scipy samtools bowtie2 conda activate hic- pro 以2.11.1版本为例进行介绍，最新的版本在https://github.com/nservant/HiC-Pro/releases检查 wget https ………………………………