当导师只给我一个RNA-Seq数据，我是怎么设计出5个课题的？（二）

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承接 “ 当导师只给我一个RNA-Seq数据，我是怎么设计出5个课题的？ ” ， 上期说了从一个 RNA-Seq 的数据可以延伸出来 a.   炎症和抗炎策略 ； b.  从自分泌或者旁分泌角度研究 神经元（细胞）焦亡 的作用和分子机制 。 这期我继续说，如果没有看的同学可以先看一下上期内容，否则可能不知道这个话题或者背景 。 接下来，我们继续说从显著高表达的基因中挑选出来的主题。 3. 吞噬体：细胞自噬？胞葬作用？吞噬作用？ 之所以关注细胞自噬，是因为在显著升高的基因中这个 KEGG 富集条目的出现 Phagosome （吞噬体），这个条目排名 11 ，且有 34 个基因是被富集到的，这让我很自然的首先想到细胞自噬（ Autophagy ） （图 1 ） 。 图 1 不过，比较有意思的是： 细胞自噬 Autophagy 这个条目居然没有被富集到（ P 值 >0.2 ）， 可以确定的是 KEGG 数据库里面确 ………………………………