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【生信入门】生物信息学常见格式概述(一) (qq.com) 5 、 "BAM" 格式 "BAM" ( Binary Alignment/Map )是一种常用的二进制文件格式,用于存储测序数据在参考基因组上的比对结果。 BAM 文件通常用于存储测序数据的对齐信息,例如 DNA 或 RNA 测序读取( reads )与参考基因组的比对位置以及相应的质量值。 BAM 文件是对 SAM ( Sequence
Alignment/Map )格式的压缩和二进制化表示。 SAM 是一种文本文件格式,用于记录比对结果。为了减小文件大小并提高读写效率, BAM 格式被广泛采用。 BAM 文件包含了多个数据字段,用于描述每个比对的相关信息,如读取名称、比对的参考序列名称、比对起始位置、对齐方式、碱基序列、质量分数等。此外, BAM 还存储了关于比对过程中发现的插入和删除( indels )、 split
reads 等信息,以提供更全面的比对结果。 BAM 文件可以使
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