Nat. Commun. | Stability Oracle：一个基于结构的图transformer框架，用于识别稳定突变

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DRUG AI 今天为大家介绍的是来自Daniel J. Diaz团队的一篇论文。工程化稳定的蛋白质是工业和制药生物技术发展中的一项基本挑战。本文介绍了Stability Oracle，一种基于结构的图transformer框架，该框架在准确识别热力学稳定突变方面达到了SOTA性能。作者的Stability Oracle框架引入了几项创新，以克服数据稀缺和偏差、泛化能力和计算时间等著名挑战，例如：通过热力学排列进行数据增强，使用结构氨基酸嵌入来对突变进行单一结构建模，蛋白质结构特定的注意力偏置机制使transformer成为图神经网络的可行替代方案。作者提供了训练/测试划分，以减少数据泄漏并确保模型评估的正确性。此外，为了检验数据工程的贡献，作者微调了ESM2表示（Prostata-IFML），在基于序列的模型中达到了SOTA。值得注意的是，尽管Stability Oracle在预训练时使用的蛋白质数量少了2000倍 ………………………………