一种基于相位恢复算法的大分子亚结构解析方法及程序实现 | 进展

单波长反常散射法是求解大分子晶体结构的主要方法。与基于同源/预测结构的分子置换法不同，该方法能够直接计算晶体结构中的重原子（亚结构）的位置，进而通过相位的计算与优化，拓展出整个大分子的三维结构。因此，该方法无需考虑初始模型与最终结构的差异，更不会引入模型偏差。对于构型多变的大分子结构，如核酸、功能性蛋白复合物；或要求高精度建模的大分子结构，如蛋白-配体结构，该方法仍是最优选择。在过去几十年时间里，实现该方法的主流工具是大名鼎鼎的SHELXCDE和PHENIX.AutoSol。而范海福院士在20世纪80年代提出的直接法方法，聚焦在相位计算与优化上，获得了突出的成果，但仍然无法摆脱对上述软件的依赖。图1 the modified phase-retrieval algorithm的双空间迭代框架。针对这一情况，中国科学院物理研究所/北京凝聚态物理国家研 ………………………………