主要观点总结
文章内容主要介绍了一系列生物信息学的学习内容，涉及R语言在生物信息学中的使用以及相关图形绘制方法。内容包括R的安装和基础语法、ggplot2绘图、热图绘制、箱线图、线图、散点图、功能富集泡泡图、韦恩图、柱状图绘制等。
关键观点总结
关键观点1: R语言安装和基础使用
介绍了R语言和Rstudio的安装及基础使用方法，包括获取帮助文档、变量的初始化和类型转换、矩阵运算和筛选合并等。
关键观点2: 数据可视化
详细描述了使用ggplot2等包进行数据的可视化，包括热图、箱线图、线图、散点图等的绘制方法和技巧。
关键观点3: 生物信息学相关图形绘制
介绍了功能富集泡泡图、韦恩图、柱状图等生物信息学相关图形的绘制方法和应用。
关键观点4: 图形排版和美化
涉及图形的字体修改、配色、美化等方面的技巧和方法。
关键观点5: 高通量数据中批次效应的处理
阐述了高通量数据中批次效应的概念、影响、鉴定和处理方法，包括已知和未知批次效应的处理以及ComBat_seq等工具的应用。
文章预览
点击 阅读原文 跳转完整教案。 1 思考题 2 R基础 2.1 R安装 2.2 Rstudio基础 2.2.1 Rstudio版本 2.2.2 Rstudio安装 2.2.3 Rstudio 使用 2.3 R基本语法 2.3.1 获取帮助文档，查看命令或函数的使用方法、事例或适用范围 2.3.2 R中的变量及其初始化 2.3.3 变量类型和转换 2.3.4 R中矩阵运算 2.3.5 R中矩阵筛选合并 2.3.6 str 的应用 2.3.7 R的包管理 2.4 ggplot2绘图 2.4.1 数据格式转换和字符串处理 2.4.2 配色 2.4.3 pheatmap绘制热图 3 R plots 3.1 qplot绘制图形 (王绪宁) 3.2 热图绘制 3.2.1 生成测试数据 3.2.2 转换数据格式 3.2.3 分解绘图 3.2.4 图形存储 3.3 热图美化 3.3.1 对数转换 3.3.2 Z-score转换 3.3.3 抹去异常值 3.3.4 非线性颜色 3.3.5 调整行或列的顺序 3.4 热图绘制 - pheatmap 3.5 聚类热图如何按自己的意愿调整分支顺序？ 3.5.1 数据示例 3.5.2 绘制一个聚类热图很简单 3.5.3 如何自定义分支顺序呢 3.5.4 人为指
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