专栏名称: 生信钱同学
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从nature中我学会了拟时序分析的天花板操作——以后再也不纠结了+幸运读者名单

生信钱同学  · 公众号  ·  · 2024-07-12 07:15
    

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不设置🌟有时会收不到公众号内容,code一段时间后会失效,及时领取之前的代码 ,今日的代码以及领书方式均在 文末 这几天生信大文章了,读不完,根本读不完 其实咱们做单细胞拟时序分析的时候,有时候只用一个分析,比如 Monocle2,就连 Monocle3其实用的人就很少。 Slingshot的原文18年发在了BMC Genomics上面,我不知道是不是影响因子比较低的原因,大家用的相对少些,其实完全没必要担心,你看这篇 nature就是用了这个方法,而且放在了主图里面,算法上面没有任何问题,咱们放心大胆的用就行了; 核心,精华 尝试多种拟时序分析方法联合使用 在这项研究中,他们就使用了多种拟时序分析算法来推断细胞轨迹,包括Diffusion Map、Slingshot、Monocle3、VIA、 CytoTRACE 和RNA velocity( 这种严谨性简直无可挑剔 )。 这样的做法有什么好处呢? 1. 提高结果的可 ………………………………

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