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零基础界面化 | 5个小时完成番茄BSAseq数据分析,用TBtools~12Gb内存~

生信石头  · 公众号  ·  · 2024-08-02 16:05

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写在前面 种种原因,我需要重新跑一次 TBtools 的 BSAseq 流程,进而明确过程中需要记录的内容: CPU 配置 内存占用 硬盘占用 等等之类。于是有了今天这个帖子。 测试环境 CPU:12th Gen Intel(R) Core(TM) i5-12600KF 内存: 硬盘: 下载数据 参考基因组,直接在番茄基因组信息网站下载即可 https: / /solgenomics.net/ftp //tomato _genome/assembly/build_4. 00 /S_lycopersicum_chromosomes. 4.00 .fa.gz 测序数据,在NCBI SRA数据库下载,Nature Plant 番茄文稿的一组数据 SRR8307487 suppressed_A https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR008/307/SRR8307487/SRR8307487.sralite.1 SRR8307489 branched_A 详细数据概况 对数据进行重命名 下载与安装插件 分别安装以下五个插件,其中 Rserver 插件是所有R语言插件的依赖插件,如果之前安装过,就无需再安装。 BWA-MEM2 GUI Wrapper SAMtools GUI Wrapper BCFtools GUI Wrapper Rse ………………………………

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