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富集分析后怎么画个性的kegg网络关系图?

SCIPainter  · 公众号  ·  · 2025-01-02 11:06
    

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在做kegg富集分析时,往往会需要查询通路map图、绘制kegg网络关系图,了解具体的通路关系。在OmicShare云工具中,kegg富集分析工具、kegg高级网络图工具都能输出网络图: 根据富集分析结果,在动态kegg富集分析工具下方支持筛选out.edge或out.node表格数据生成网络图,图中通路节点以map ID(ko号)展示: 静态kegg富集分析工具则可在“预览”中选择前N行数据绘图,图中通路节点为pathway name名称;默认使用out.edge结果数据; 而kegg高级网络图工具则可根据富集分析结果,整理想要的通路ID与对应数据上传绘图。文件第一列必须是 map ID(ko号) ,第二、三列数据则可根据想要展示的信息,上传degree、gene number、P值或FDR值等数据,在结果图中以节点不同颜色、大小等参数展示。也可以仅上传map ID。 *kegg通路图一般连通关系复杂,不建议上传过多map ID,否则节点 ………………………………

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