JCIM｜北京大学来鲁华课题组：使用DiffPepBuilder进行多肽配体的从头设计

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多肽由于其良好的生物活性和较低的毒性，一直是新药开发的重要来源。 计算工具和算法的发展在预测多肽结构、相互作用和药代动力学特性方面起到了至关重要的作用，促进了肽类药物的开发。分子动力学模拟和分子对接等传统方法使研究人员能够探索多肽的构象空间并以较高的精度预测其与靶蛋白的亲合性。然而，由于多肽结构的灵活性和蛋白质-多肽复合物结构数据的稀缺，多肽配体的设计仍然具有挑战性。 2024年9月12日，北京大学来鲁华研究小组针对这一问题，从大量蛋白-蛋白复合物界面数据中整理出了一个大型数据集PepPC-F，并 开发了一种基于SE(3)-等变扩散模型的序列-结构协同设计的生成模型DiffPepBuilder。该模型能够在已知作用界面的情况下设计结合多肽的结构和序列并在结构中引入二硫键稳定多肽构象，并且设计的多肽配体在多项测 ………………………………