专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
今天看啥  ›  专栏  ›  生信媛

如何用C语言实现单行数据转fasta

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2020-03-19 07:00
    

文章预览

之前立了一个学习C语言的flag, 这一次我要真正学会C语言 ,虽然很久没有写相关的推送,但是一直也在默默学习。 昨天看了 Linux的日常·单行数据转fasta后 ,因为需求简单,想着也不复杂,于是我就试试了用C语言实现这个小功能。 任务是将下面格式文本 名称1 tab分隔 名称2 tab分隔 名称3 tab分隔 序列 tab分隔 null 转成如下的格式 >名称1|名称2|名称3 序列 我写的代码总共就36行。 #include #include #include "klib/kseq.h" KSTREAM_INIT ( gzFile , gzread , 16384 ) typedef struct { char name [ 256 ]; char comment1 [ 256 ]; char comment2 [ 2048 ]; char seq [ 2048 ]; } Fasta ; int main ( int argc , char const * argv []) { gzFile fp ; kstream_t * ks ; kstring_t str = { 0 , 0 , 0 }; ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照
总结与预览地址:访问总结与预览