scATAC分析学习手册

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学习手册 scRNA-seq能够帮助我们解析细胞特异性表达模型，但基因调控的过程( SCENIC 可以通过表达量来反推，但无法直接观察到)与染色质活动情况则是这项技术的盲区。细胞内的调控往往存在级联放大效应，对于染色质景观的研究更利于生物学现象的理解，染色质可及性便是其中的一种重要手段。在基因的表达过程中， 染色质可及性 会发生一系列的改变，通过暴露不同的启动子、增强子和其它顺式调控元件(这个过程中就涉及染色质可及性的改变)，可以使转录因子能够结合在染色质上调节相应基因的表达。因此，染色质可及性的研究通常被用于 基因表达调控 或 表观遗传学 的研究之中。常用的染色质可及性测定技术包括染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)等。这里，我们以 signac 为例，结合 ………………………………