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单细胞天地
掌握Python,解锁单细胞数据的无限可能
单细胞天地
·
公众号
· · 2024-12-07 09:30
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单细胞数据分析炙手可热,python在单细胞分析里占据的地位也越来越重要。 因为很多工具是基于python原生态开发的,而且在Python编程环境下运行速度会是R编程语言的10倍以上。 比如转录因子分析,它作为单细胞的3大高级分析,大家应该是不再陌生,我们也多 次介绍过: SCENIC转录因子分析结果的解读 单细胞转录因子分析之SCENIC流程 (R语言版本,代码运行超级慢) 因为在R里面跑这个,超级耗时,所以我们也介绍了Python版本: 使用pyscenic做转录因子分析 和 没想到自己会放弃conda(docker镜像的pyscenic做单细胞转录因子分析) ,大家可以按需取用。 也就是说, 仅仅是会R编程语言有时候会部分高级分析望洋兴叹,而且大量的高分文献在公布他们的代码在github的时候我们也可以很明显的看到必须是R和Python两手抓了 ,比如2024的NC文章:《Single-cell ………………………………
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