多分组数据分析

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 GEO数据挖掘系列，第17篇学习笔记：多分组数据的分析代码 多分组数据：即若干个二分组的叠加。可以看成以下两种情况：①1个对照组+2个及以上的实验组；②两两差异分析 代码思路和二分组差不多，以下用tinyarray简化分析的代码方法来做示例，本篇方法最多适用五分组 1.获取数据 学习本篇需要建立在tinyarray基本使用会了的基础上，不会的话先看 tinyarray简化分析 一文 # 准备工作 rm(list = ls()) options(timeout = 10000) options(scipen = 20) library(tinyarray) packageVersion( "tinyarray" ) # 2.2.9和2.3.0两个版本有问题，建议更新到最新版本 library(stringr) # 下载数据 gse =  "GSE474" geo = geo_download(gse) #如果是2019年后的数据，需要： #geo = geo_download(gse,by_annopbrobe = F) # exp exp = geo $exp range(exp) exp = log2(exp+1) #看情况决定是否运行 ………………………………