Cell | AI工具探索RNA “暗物质”

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中山大学Mang Shi (lead contact) 等研究人员开发基于深度学习的新工具从10,487例环境宏转录组 （metatranscriptomes，共约51 Tb测序数据） 更高效地挖掘RNA病毒序列，发现超7万种新病毒 （putative unique viral species） [1], [2]。 该工具的特点是结合 序列 （RNA病毒特有的RNA依赖RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase ( RdRP )蛋白序列） 和 结构 （ESMFold[3]预测的RdRP蛋白结构） 信息训练一个基于 Transformer架构 的模型[4]，从而更好地利用远程序列位点关联信息，并增加了可探索的病毒多样性“动态范围” （主要得益于结构信息） [2]。 研究人员进一步分析了这些新发现的RNA病毒的基因组特征/模块、对已知RNA病毒分类与谱系发生的扩展、及其生态系统分布。其中一个比较明确的数据是大部分RNA病毒主要富集在比较单一的环境类型，或与环境特异性的宿主有关[2]。 大部分RNA病毒 ………………………………