单细胞转录组差异分析的8大痛点

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最近刷到了一个预印本的文章：《The curses of performing differential expression analysis using single-cell data》，是来自于美国的密西根大学和芝加哥大学的研究论文。他们提到了单细胞数据分析的“诅咒”（curses）。单细胞转录组差异分析之所以困难，主要是由于以下8个方面的原因： 标准化（Normalization）问题 ： 单细胞数据需要经过标准化来校正PCR扩增偏倚、批次效应以及数据分布的偏差。然而，目前还没有建立一个统一的金标准来指导在不同情况下应使用哪种标准化方法。 传统的基于计数的标准化方法（如CPM）可能会抹去由UMIs（Unique Molecular Identifiers）提供的重要数据，并且不考虑基因间对细胞资源的竞争。 零值问题（Excessive Zeros） ： 单细胞数据中存在大量的零值，这些零值可能代表基因未表达、表达水平低未被检测到，或是技术问题导致的未捕获。 ………………………………