ICML 2024 | 基于重要功能位点与小分子底物的生成式酶设计

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DRUG AI 今天为大家介绍的是来自Lei Li团队的一篇论文。酶是由基因编码的生物催化剂，能够加速化学反应。那么，如何能自动设计出功能性酶呢？在这篇论文中，作者提出了EnzyGen，这是一种学习统一模型来设计各个功能家族酶的方法。作者的核心理念是基于重要功能位点和对应期望催化功能的底物生成酶的氨基酸序列及其三维（3D）坐标。这些位点是从酶数据库中自动挖掘出来的。EnzyGen由一种新颖的交错注意力网络和邻域等变层组成，能够捕捉整个蛋白质序列中的远程关联和3D空间中最近氨基酸的局部影响。为了学习生成模型，作者设计了一个联合训练目标，包括序列生成损失、位置预测损失和酶-底物相互作用损失。作者还构建了EnzyBench，一个包含3157个酶家族的数据集，覆盖了蛋白质数据库（PDB）中所有可用的酶。实验结果表明，EnzyGen在所有323 ………………………………