4个NC杂志的空间转录组数据分析(GSE190811)

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我们生信马拉松授课群里有个学员问空间转录组数据如何读取，给出的数据编号为 GSE190811，由于不是10x spaceranger 的标准格式，对于初学者来说有一些难度，下面一起来看看这个数据集！ 数据背景 GSE190811 这个数据来自2022年11月10号发表在NC杂志上，标题为《Single cell profiling of primary and paired metastatic lymph node tumors in breast cancer patients》，文章仅用这个数据绘制了一幅图：上皮细胞的特征基因在空间切片上的打分分布。 这个数据的GEO链接为：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE190811，总共是4个空间转录组的样本： GSM5732357 PT_3 LNM ST GSM5732358 PT_6 LNM ST GSM5732359 PT_7 LNM ST GSM5732360 PT_8 LNM ST 提供的附件 GSE190811_RAW.tar 包含的文件如下： GSM5732357_A_1938345_11.jpg.gz 52.6 Mb GSM5732357_A_raw_feature_bc_matrix.h5 29.6 Mb GSM5732357_A_scalefactors_json.json.gz 161 b GSM5732357_A_tissue_hires_image.p ………………………………