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拉曼光谱与机器学习相结合在单细胞水平上快速检测食源性病原体

深度学习辣汤小组  · 公众号  · 科技自媒体  · 2024-09-03 00:00
    

主要观点总结

本文介绍了来自上海理工大学的Yan Shuaishuai等人将拉曼光谱与机器学习技术相结合,通过决策树算法在血清型水平上对单个细菌细胞进行评估和判别的研究。文章旨在解决食源性病原体检测中快速准确的问题。

关键观点总结

关键观点1: 研究背景

食源性病原体通过食物或水引起的食源性疾病是全球公共卫生问题和食品安全事件的主要原因之一,早期快速检测食源性病原体对食品质量控制至关重要。

关键观点2: 研究目的

为了解决目前的检测技术如生化检测、免疫学分析、基因组分析等因漫长的预富集和预处理过程而限制其快速获得测试结果的问题,提出了一种快速、准确、成本效益高的方案来探索食品供应中的潜在病原体。

关键观点3: 方法与技术

采用拉曼光谱结合机器学习的方法,使用核主成分分析(KPCA)提取特征,结合决策树(DT)算法对单个细菌细胞进行生化特性分析,以达到菌株分类的目的。

关键观点4: 数据集与实验设计

研究收集了来自7个不同细菌属的23株菌株的15890个光谱,并将数据随机分为10个集,其中9个集用于建立分类器,剩余1个集用于评估分类器。通过10倍交叉验证来评估分类模型的性能。

关键观点5: 结果与性能

KPCA-DT分类学习器对独立测试集的预测平均准确率为86.23±0.92%,引入四级分类模型后,在属水平和血清型水平的分类准确率较高。与PCA-SVM相比,KPCA-DT在某些分类任务中表现出良好的性能。


文章预览

✦ 深度学习辣汤小组文献阅读学习之一百五十四篇 ✦ 拉曼光谱与机器学习相结合在单细胞水平上快速检测食源性病原体 DeepLearning 深度学习辣汤小组  2024/1/27 2021年,来自上海理工大学的Yan, Shuaishuai等人,将拉曼光谱与机器学习技术相结合,通过决策树算法在血清型水平上对单个细菌细胞进行评估和判别,并在期刊TALANTA(IF=6.1,化学一区TOP)上发表题为“Raman spectroscopy combined with machine learning for rapid detection of food-borne pathogens at the single-cell level”的文章。 DOI: https://doi.org/10.1016/j.talanta.2021.122195 一、研究背景 食源性病原体通过食物或水引起的食源性疾病是持续引发全球公共卫生问题和食品安全事件的主要原因之一。因此,早期快速检测食源性病原体对食品质量控制至关重要。目前的检测技术(生化检测、免疫学分析、基因组分析)等方法都因为其 ………………………………

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