今天看啥  ›  专栏  ›  生信漫漫学

VlnPlot结果及常用参数浅析

生信漫漫学  · 公众号  ·  · 2024-10-02 16:33

文章预览

单细胞分析中小提琴图用途 小提琴图是一种在单细胞RNA测序数据分析中常用的可视化工具,它能够 展示数据分布的密度估计,并且可以用于比较多个群组的基因表达水平 。 比如在单细胞分析中,在进行质控前,会使用小提琴图可视化 nFeature_RNA, nCount_RNA, percent.mt ,辅助我们选择合适的阈值进行质控 # Visualize QC metrics as a violin plot VlnPlot(pbmc, features = c( "nFeature_RNA" ,  "nCount_RNA" ,  "percent.mt" ), ncol = 3) 在 可视化Marker基因 的时候,VlnPlot也是非常常用的一种方法! 之前的推文有详细整理过 ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤 ,那这期我们 一起来学习了解一下VlnPlot小提琴图可视化marker基因! VlnPlot可视化辅助质控 虽然之前的推文有详细整理过 ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤 ,但是好像 仅仅只介绍了一下数据以及阈值选择 ,没有介绍一下小提琴图的结果 ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照
总结与预览地址:访问总结与预览