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单细胞分析中小提琴图用途 小提琴图是一种在单细胞RNA测序数据分析中常用的可视化工具,它能够 展示数据分布的密度估计,并且可以用于比较多个群组的基因表达水平 。 比如在单细胞分析中,在进行质控前,会使用小提琴图可视化 nFeature_RNA, nCount_RNA, percent.mt ,辅助我们选择合适的阈值进行质控 # Visualize QC metrics as a violin plot VlnPlot(pbmc, features = c( "nFeature_RNA" , "nCount_RNA" , "percent.mt" ), ncol = 3) 在 可视化Marker基因 的时候,VlnPlot也是非常常用的一种方法! 之前的推文有详细整理过 ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤 ,那这期我们 一起来学习了解一下VlnPlot小提琴图可视化marker基因! VlnPlot可视化辅助质控 虽然之前的推文有详细整理过 ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤 ,但是好像 仅仅只介绍了一下数据以及阈值选择 ,没有介绍一下小提琴图的结果
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