最新版：TCGA 三阴性乳腺癌基因表达数据下载及生存分析

文章预览

之前发了这篇推文后，有老师帮忙提出几条意见【非常感谢这位老师 ❤ 】，确实是之前考虑不到位的地方，查阅TCGAbiolinks的文档以后，进行了重新的整理，供大家参考~ 您没有去除数据中的癌旁组织和正常组织样本； 不应该使用基因表达counts数据或log(counts)数据，而应该提取其中的TPM或FPKM表达量，否则会造成样本之间的表达量不可比 新版TCGAbiolinks下载的数据集自带gene name，无需手动转换 根据老师的建议，我在这次的代码中进行了以下改变： 先去除正常组织，然后在肿瘤组织中进一步筛选TNBC的样本 提取了tpm_unstrand数据 用rowData函数直接提取基因名，省掉很多麻烦 需要清楚的是，TCGA中不同的组织来源： 其中，01一直到14的编号是隐藏在patient id或者barcode中的。 也就是说，BRCA数据集组织分别来自于正常组织，原发组织和转移组织。 rm(list = ls()) librar ………………………………