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MSigDB (Molecular Signatures Database) 是一个广泛使用的数据库，包含了各种生物学通路和基因集，用于基因表达数据的功能注释和解释。MSigDB的数据集分为多个类别，每个类别包含不同类型的基因集，这些基因集可以用来进行各种生物学和医学研究。 1.获取msigdb所有通路或者特定通路、基因代码 #2提取并制备人的human|mouse列表--------- if(T){ msigdbr::msigdbr_collections() all_gene_sets_hs = msigdbr::msigdbr(species = "Homo sapiens") #Mus musculus Homo sapiens ,category = "C2",subcategory = "CP" dim(all_gene_sets_hs) #saveRDS(all_gene_sets_hs,file="~/datasets/all_gene_sets_hs_msigdb.rds") all_gene_sets_hs = msigdbr::msigdbr(species = "Mus musculus" ) #Mus musculus Homo sapiens dim(all_gene_sets_hs) #saveRDS(all_gene_sets_hs,file="~/datasets/all_gene_sets_mm_msigdb.rds") all_gene_sets_hs table(all_gene_sets_hs$gs_subcat) table(all_gene_sets_hs$gs_cat) #假设我
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