获取msigdb所有通路或者特定通路、基因代码

主要观点总结

本文介绍了MSigDB数据库的内容及其使用方法，并列举了MSigDB数据集的主要分类及其含义、分类理由和用途。

关键观点总结

关键观点1: MSigDB数据库简介及功能

MSigDB是一个包含各种生物学通路和基因集的数据库，用于基因表达数据的功能注释和解释。

关键观点2: MSigDB数据集的主要分类及其含义

MSigDB数据集分为C1-C10共10个主要类别，每个类别包含不同类型的基因集，这些基因集可用于探索疾病机制、寻找潜在治疗靶点、研究基因调控网络等。

关键观点3: MSigDB数据集分类的理由和用途

分类理由基于基因的物理位置、化学或基因干扰后的表达变化、序列特征、预定义的生物学通路、GO注释、人类疾病表型等因素。这些基因集可用于不同的生物学研究，如研究特定染色体区域的基因表达模式、探索化学物质或基因干扰对基因表达的影响、研究转录因子和其他调控蛋白如何影响基因表达等。

文章预览

‍ ‍ MSigDB (Molecular Signatures Database) 是一个广泛使用的数据库，包含了各种生物学通路和基因集，用于基因表达数据的功能注释和解释。MSigDB的数据集分为多个类别，每个类别包含不同类型的基因集，这些基因集可以用来进行各种生物学和医学研究。 1.获取msigdb所有通路或者特定通路、基因代码 #2提取并制备人的human|mouse列表--------- if(T){ msigdbr::msigdbr_collections() all_gene_sets_hs = msigdbr::msigdbr(species = "Homo sapiens") #Mus musculus Homo sapiens ,category = "C2",subcategory = "CP" dim(all_gene_sets_hs) #saveRDS(all_gene_sets_hs,file="~/datasets/all_gene_sets_hs_msigdb.rds") all_gene_sets_hs = msigdbr::msigdbr(species = "Mus musculus" ) #Mus musculus Homo sapiens dim(all_gene_sets_hs) #saveRDS(all_gene_sets_hs,file="~/datasets/all_gene_sets_mm_msigdb.rds") all_gene_sets_hs table(all_gene_sets_hs$gs_subcat) table(all_gene_sets_hs$gs_cat) #假设我 ………………………………