专栏名称: 生信分析手册
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4+单基因+铁死亡+实验验证,简单明白易学,这思路谁看了不想抄啊!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-06-26 18:40

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Diagnostic and predictive significance of the ferroptosis-related gene TXNIP in lung adenocarcinoma stem cells based on multi-omics”,这篇文章发表在 Transl Oncol 期刊上,影响因子为4.5。 结果: LSCs和LTCs中mRNA的差异表达分析 LSC和LTC样本是按照先前研究中详述的方案采集的[31]。在这项研究中,我们采用 RNA-seq 和 LC-MS/MS 分析来筛选关键的铁死亡相关基因,如图1一个。最初,LSC 和 LTC 中的 DEG 是使用 R 软件中的“limma”包分析的。通过筛选共鉴定出 651 个 DEG,其中 327 个上调(如红点图1b) 和 324 个下调(在图1维恩分析显示,LSCs和LTCs之间有640个共享基因,其中LSCs中有28个独特基因,LTCs中有19个独特基因(图1因此,选择了 651 个 DEG 进行进一步分析。 LSC 和 LTC 中铁死亡相关 DEG 的鉴定 作者从“FerrDb V2”数据库中提取了铁死亡相关基因,并对L ………………………………

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