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1.使用MEGA绘制进化树 从1993年的第一版到最新的MEGA 11,在这30年间,MEGA的下载次数达300万,有10万多次引用,MEGA毫无疑问是目前科研人员使用最多的进化树构建软件。 官网: https://www.megasoftware.net/home 绘图效果: 参考教程: 《如何绘制漂亮的进化树?》 《你还在用MEGA6建树吗?全新的MEGAX来啦》 《杂志要求进化树用Word可“编辑”,怎么办?》 2.使用ggtree绘制进化树 如果习惯用R语言绘图,可尝试使用ggtree包进行进化树样式的调整和美化,比如可以绘制树枝状的进化树,也可以为不同的Cluster添加背景色块等。 #相关R包加载; library (ggtree) library (treeio) library (ggplot2) #本地数据读入; tr < - read.newick( "ggtree2.nwk" ) #添加标签+分组条带+调整进化树宽度; pp < - ggtree(tr,branch.length = 'none', layout = 'circular',size =1) + geom_tiplab (geom='label', offset=0.5,size = 4,font =2)
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