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cellchat细胞通讯2-细胞间通讯网络推断

生信漫漫学  · 公众号  ·  · 2024-12-16 18:49
    

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前情提要 cellchat主要是分了六个部分的内容,上次推文学习整理了第一部分—— cellchat细胞通讯1-数据输入与对象构建 最开始基于data数据和细胞注释的meta信息创建的cellchat对象如图: cellchat cellchat "labels" ) cellchat "labels" )  groupSize #计算每个细胞类型的细胞数 然后 选择需要的数据库,以及过表达基因和配体-受体对 ,所得到的结果都会保存在cellchat不同的条目下 # 使用"Secreted Signaling"用于细胞通讯分析 CellChatDB.use "Secreted Signaling" )  # 将数据库传递给cellchat对象 cellchat@DB ##配体-受体分析 # 提取数据库支持的数据子集 cellchat # 识别过表达基因 cellchat # 识别配体-受体对 cellchat 那这周就来学习一下其余几个部分的内容!这期先看第二部分—— 细胞间通信网络的推断 计算通信概率并推断细胞通信网络 计算平均基因表达的方法 :推断的配体-受体对数 ………………………………

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