手把手教学｜miRNA靶基因预测及验证

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miRNA是一类长度约为22-25nt的非编码RNA，被广泛发现在许多疾病中发挥重要作用。研究发现，miRNA主要通过碱基互补配对原则结合下游靶基因的3’UTR从而抑制靶基因的表达。 通常地，我们通过RNA-seq等高通量测序技术对临床样本中的miRNA进行生物信息分析获取差异表达的miRNA，并通过实时荧光定量PCR进一步验证筛选出最终的差异miRNA作下一步分析，即寻找miRNA作用的下游靶基因的进一步探究miRNA的功能作用。 在已知差异表达的miRNA情况下，我们可以在线预测网站预测能与目的基因相互作用的miRNA及miRNA的结合位点。 目前为止应用比较广泛的在线预测网站有： TargetScan（https://www.targetscan.org/vert_80/） miRanda（http://www.microrna.org/microrna/home.do） RNAhybrid（http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid） psRNATarget（http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/） 其中psRNATarget是一个在线用 ………………………………