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iMeta高被引论文 | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2025-02-03 22:16
    

主要观点总结

本文介绍了 ComplexHeatmap 软件包在复杂热图可视化方面的特性和功能,详细描述了 ComplexHeatmap 的模块化设计、丰富的功能和广泛的应用,并展示了它在生物信息学领域中的重要作用。ComplexHeatmap 是一种用于揭示多种信息之间复杂关联的强大可视化工具,通过自动拼接和调整多个热图以及添加复杂注释,能够轻松建立多个来源信息之间的关联,因此 ComplexHeatmap 被广泛应用于许多领域的数据分析中,特别是生物信息学,以发现隐藏在数据中的关键结构。

关键观点总结

关键观点1: ComplexHeatmap 的特性和功能

ComplexHeatmap 是一种用于揭示多种信息之间复杂关联的强大可视化工具,具有模块化设计、丰富的功能和广泛的应用,支持自动拼接和调整多个热图以及添加复杂注释,能够轻松建立多个来源信息之间的关联,在生物信息学领域中被广泛使用。

关键观点2: ComplexHeatmap 的模块化设计

ComplexHeatmap 以模块化和面向对象的方式设计,定义了三个主要类:Heatmap 类定义了具有多个组件的完整热图,HeatmapAnnotation 类定义了具有特定图形的热图注释,以及管理多个热图和热图注释的 HeatmapList 类。

关键观点3: ComplexHeatmap 的应用

ComplexHeatmap 被广泛应用于生物信息学领域,用于可视化基因组学、转录组学或表观基因组学的数据,并用于发现隐藏在数据中的关键结构。

关键观点4: ComplexHeatmap 的扩展和集成

ComplexHeatmap 支持与其他软件包的集成,如 EnrichedHeatmap 和 InteractiveComplexHeatmap,提供了更丰富的热图可视化功能。

关键观点5: ComplexHeatmap 的未来展望

ComplexHeatmap 将会继续成为生物信息学乃至数据科学领域中的一个强有用的工具,用来有效地展示隐藏在海量数据背后的结构。


文章预览

点击蓝字 关注我们 复杂热图可视化 https://doi.org/10.1002/imt2.43 PROTOCOL ● 2022年8月,德国癌症研究中心顾祖光在 iMeta 在线发表了题为“ Complex heatmap visualization ”的方法类文章。 ●   该研究系统性地介绍了 ComplexHeatmap R包在复杂热图可视化方面的特性和功能。 ●   第一/通讯作者: 顾祖光  (z.gu@dkfz.de) 摘   要 热图是一种广泛使用的针对矩阵数据的统计可视化方法,其用于揭示存在于矩阵中的相似模式。在 R 编程语言中,有许多绘制热图的包。其中,ComplexHeatmap 软件包为构建高度可定制的热图提供了最丰富的工具集。ComplexHeatmap 可以通过自动拼接和调整多个热图以及添加复杂注释,轻松建立多个来源信息之间的关联,因此 ComplexHeatmap 被广泛应用于许多领域的数据分析中,特别是生物信息学,以发现隐藏在数据中的关键结构。在本文中,我们全面介绍 ………………………………

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