两个不同数据集：同一课题组同样的实验设计差异分析结果一致性却很差是为什么呢？

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在我们生信技能树的马拉松授课群里有个学员遇到一个有意思的事情： 在分析GEO芯片数据时，有两个GEO芯片数据， 实验设计一模一样，而且来自同一个课题组 ，只有芯片平台不一样，但是对这两个数据做差异分析后，进行差异基因一致性比较，发现一致性很差。 下面就来看看~ 来自同一个课题组的两个实验设计一模一样的数据 数据来自东京大学的外科肿瘤学系课题组，这两个数据分别为： GSE3493 ：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE3493 GSE35452 ：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE35452 数据一：GSE3493 这个数据集包括了46例样本，35个 药物 non-responder 和 11 个 responder。 在直肠癌患者开始术前放疗之前，通过肠镜检查前瞻性地收集了活检标本。相应的肿瘤标本经福尔马林固定并包埋于石蜡中，用于组织学检查；其他标本则用于RNA提取。当相 ………………………………