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单细胞亚群比例图绘制

生信漫漫学  · 公众号  ·  · 2024-10-01 09:30

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单细胞测序—亚群比例图绘制 最近在复现 Cellular heterogeneity during mouse pancreatic ductal adenocarcinoma progression at single-cell resolution 这篇文章的聚类分群时注意到论文图中把细胞亚群的比例也显示在图中,如图 发现自己还没有绘制过类似的比例图,遂查询了资料,发现了生信技能树在前几天刚好有一篇帖子做了这方面的介绍,所以直接拿来用了,这里坐下简单的记录。 原贴链接: 单细胞亚群绝对数量和相对比例的探索 1 数据导入 首先基于常规的单细胞测序流程得到的late KIC的seurat对象( 手动注释错了应该,与文章结果相差太大,不影响演示计算亚群比例 )。 DimPlot(sce.all.int, reduction =  "tsne" ,raster =  F ,group.by =  'RNA_snn_res.0.6' ,         label =  T ,repel =  T ) +   DimPlot(sce.all.int, reduction =  "tsne" ,raster =  F ,group.by =  'celltype' ,           label  ………………………………

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