ATACseq 数据分析全流程实战（三）：课后习题

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本帖子学习资源： https://rockefelleruniversity.github.io/RU_ATACseq/ 续上前面的实战： 在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战（一） 在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战（二） 6.2 课后习题 题目：https://rockefelleruniversity.github.io/RU_ATACseq/exercises/exercises/ATACseq_part1_exercise.html 练习数据： 今天的练习数据来自 Christina Leslie’s lab，样本为 T-regulatory cells的ATAC-seq数据，下载地址： read1：https://www.encodeproject.org/files/ENCFF175VOD/@@download/ENCFF175VOD.fastq.gz read2：https://www.encodeproject.org/files/ENCFF447BGX/@@download/ENCFF447BGX.fastq.gz bam：https://www.encodeproject.org/files/ENCFF053CGD/@@download/ENCFF053CGD.bam 当然我们也可以用前面的数据进行分析：ATACseq_50k_Rep2 sample GEO - GSM1155958 ATAC-seq预处理 1.从read1和read2分别随机读取10000个reads，绘制Q值的箱线图 使用  FastqSampler 这个函数进行读取： library (GenomicRan ………………………………