跟着Seurat官网学Visium HD空转分析（二）空间组织域识别和反卷积

文章预览

上期推文说到，目前Seurat针对HD进行了更新，并在官网发布了一个分析教程，详见https://satijalab.org/seurat/articles/visiumhd_analysis_vignette，因此我在上次推文 【跟着Seurat官网学Visium HD空转分析（一）标准分析流程】 介绍了基于Seurat v5的Visium HD空转分析的标准分析流程。 本次推文继续介绍Seurat官网的Visium HD空转分析流程，包括使用BANKSY算法进行空间组织域识别，以及RCTD算法进行反卷积分析。 针对Seurat v5，由于目前仍然有相当多的单细胞算法尚未支持Seurat v5，因此在使用v5的过程中用户会遇到很多bug。所以我推荐新手，特别是没有Seurat v4分析经验的，可以先熟悉Seurat v4的分析流程，熟练之后再上手v5。当然，这个只是我个人的观点，仅供参考。 一.  空间组织域识别 加载上期教程使用的示例数据： library (Seurat) library (ggplot2) library (patchwork) library (dplyr) library ………………………………