miRNA测序数据的上游定量流程实战演练

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最近miRNA领域居然获得了诺贝尔奖，所以我也凑一下热闹想学习，所以就拜托神通广大的曾老师提供了一个miRNA测序数据案例， 这个数据集是GSE181922，其中一共包括了40例样品的的miRNA数据。 如下所示： miRNA的上游分析流程跟mRNA的上游流程很相似：环境部署——数据下载——查看数据(非质控)——数据质控清洗——数据比对——数据定量 https://www.bilibili.com/video/BV1zK411n7qr  1.基于conda的环境部署/软件安装： 尝试使用ARM架构(M1/M2芯片) 去安装fastqc trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp，发现这些软件中有几个是不兼容的。所以需要改回原来的x86_64架构(Intel芯片)，如果非mac/M1/M2的不需要用这种方式。 CONDA_SUBDIR=osx-64 conda create -n miRNA_x86_64 python=3.9   conda activate miRNA_x86_64   conda install -y -c bioconda sra-tools hisat2 bowtie samtools fastp bowtie2 fastx_toolk ………………………………