专栏名称: 生信随笔
NGS多组学在肿瘤中的应用,生信工程师的成长之旅。
今天看啥  ›  专栏  ›  生信随笔

软件测评:百万级单细胞数据的Anndata和Seurat对象互转

生信随笔  · 公众号  ·  · 2024-05-18 23:15
    

文章预览

这里做一个勘误,dior包并不提供Seurat转为h5ad的转换方法,但dior包可以将seurat转为h5文件然后用python读取,但是dior包的seurat转为h5非常慢:dior::seurat_write_h5(seurat.data,file='./Outdata/scdata.h5',object.type = 'seurat') 因此,旧文文末给的代码实际是我总结的最佳读取和转存策略,也就是组合不同的R包,达到最快的读和存的目的,总结来说:用dior包快速读h5ad为seurat,用sceasy包将seurat快速转为h5ad文件。 虽然旧文的小错误不影响代码的运行,但是仍给读者带来了一些误解,在此非常抱歉! 更新后的版本如下: 随着单细胞相关研究成果的井喷式爆发,单细胞领域已进入百万级甚至千万级细胞量的时代。因此有不少R语言党(包括我)开始学习Python,使用Scanpy流程。但是,由于习惯了Seurat流程,有些时候需要把Anndata对象的单细胞数据转为Seurat对象,然后使用R语言进行 ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照
总结与预览地址:访问总结与预览