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经常有朋友问起自己要做什么分析,推荐一个电脑的配置。通常限制程序运行的最主要因素是 内存 ,内存不足程序会直接运行不起来, CPU 性能弱顶多是运行的慢,硬盘比较便宜,不需要特别评估。 针对这个问题,我们准备推出一系列测试推文,统计计算常用软件的运行时间、所需的最大物理内存 (后面统计的都是所需最大物理内存,也就是配电脑所需的内存;程序运行过程中可能还会使用虚拟内存,这个参数也有统计,但不在分析范围之内)、生成文件所占的磁盘空间,以给后续选择做参考依据。 资源统计主要基于 Time除了监控程序运行时间还能干这个? 提到的 time 函数。 测试 STAR 构建基因组索引所需的计算资源 基因组序列和基因注释文件下载和整理 # 下载当前最新版本的基因组 wget -c http://ftp.ensembl.org/pub/release-104/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapie
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