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首篇， 《AlphaFold3详解之输入嵌入》 ； 次篇， 《AlphaFold3详解之Pairformer》 。 本文是“小王随笔”详解AlphaFold3算法的三篇，详细展现AF3的推理模型利用扩散进行结构预测的算法细节。具体而言，本文详细展开 算法1的第15行 ，涉及AF3论文补充材料的 算法3-7、11、18-26 ，这些算法引用关系如下图。 AF3和AF2的推理模型最大的不同点可能是利用扩散模型（diffusion model）预测结构。 AF2在结构模块（Structure
module）中利用不变点注意力（invariant point attention, IPA）来生成结构；AF3则用一个非等变点云扩散模型（non-equivariant point-cloud
diffusion model）预测结构。并且，AF3在结构生成中没有使用任何几何条件，如SE(3)不变性等；其仅仅用一个单线性层嵌入所有原子的位置，在最后用一个单线性层将更新后的嵌入映射回原子位置。 在论文的补充材料中，作者提到，其将一
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