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一站式解读空间转录组数据的获取及分析

玩转ATGC  · 公众号  ·  · 2024-11-06 07:55
    

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""" 王同学第二稿,空间转录组学第二弹,一站式解读空间转录组 数据的获取,数据格式的介绍,分析流程及基本分析结果 。 备注:深度长文,建议先收藏 """ 空间转录组的数据是什么样子的? 下图是10X Genomics上的一个结肠癌FFPE组织样本数据。10X Genomics平台上datasets集合里有很多这类型的数据,可以自行寻找感兴趣的样本来分析。 可点击如下 链接下载该样本数据: https://www.10xgenomics.com/datasets/human-colorectal-cancer-11-mm-capture-area-ffpe-2-standard 文件很多,查看其中的 Summary HTML文件可以对数据有宏观了解:样本测序量,组织切片形状,以及基本的分析结果等。也就是说10X genomics平台上的数据是有数据的基本信息和基础的分析结果的。 在这一堆文件里,如果想要自己分析数据,需要用的文件是Feature/barcode matrix HDF5 (filtered)或者Feature/barcode matrix (filtered),两 ………………………………

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