AlphaFold3详解之Pairformer

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文是“小王随笔”详解AlphaFold3算法的次篇，详细展现“Pairformer”的算法细节，包括Pairformer之前的模板嵌入模块（Template module）、多序列比对模块（MSA module），旨在讲清楚AF3的多种输入数据的信息流如何交互。具体而言，本文涉及AF3论文补充材料的 算法1、3、4、8-17 ，如下图。 推理模型的主循环算法的第1行我们在上一篇详细讲解过了——通过输入特征嵌入器（Input Feature Embedder），利用reference特征、token特征、MSA特征等生成令牌单表示（token single representation）。 这次讲解2-14行 ，其涉及的算法引用关系如下图。 主循环第2行，对第1行生成的初始令牌单表示做线性处理。 主循环第3行，利用令牌单表示生成初始对表示（pair representation）；第4行，利用算法3相对位置编码（relative position encoding），加入token特征；第5行，加入bond特征。 这里我们比较AF2、A ………………………………