【计算】南方科技大学Nat. Commun.：机器学习赋能加快多尺度量化精修可靠的蛋白质–药物结构

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生物大分子的精确三维结构在药物开发和生物催化中至关重要。X-射线衍射 (XRD) 是解析生物大分子三维原子结构的最常用的方法之一，科学家通常采用X-射线晶体精修方法，结合分子力学 (MM) 力场与实验 (XRD) 数据来解析生物大分子的三维结构并构建合理的化学结构。另一方面，Ryde等人提出了量化精修 (quantum refinement) 方法，将更可靠的量化计算 (QM) 方法替代快速的分子力学力场描述蛋白活性中心，能够有效改善关键局部结构 ( J. Comput. Chem. 2002 , 23 , 1058) 。此外，其他课题组也将量化精修与多尺度模拟、线性标度QM、分块法等方法相结合以进一步加快或改进精修过程。2021年， 南方科技大学钟龙华 课题组提出了基于ONIOM多尺度量化计算方法的量化精修方法 (ONIOM_QR) ，并成功提高了金属蛋白活性中心的关键局部结构精确度 ( J. Chem. Theory Comput . 2021 , 17 , ………………………………