一个优秀的ATAC-seq数据分析资源实战（一）

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之前我们给大家介绍了两篇ATAC-Seq数据分析pipeline的优秀综述： 综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全 和 Omni-ATAC：更新和优化的ATAC-seq协议（NatProtoc） ，我们今天就来实战介绍！ 这次选择介绍的资源如下，这些内容是通过互联网上的多种资源（论坛、论文、研讨会等）整理而成的。作者无法一一列出所有来源，但想要感谢他们分享经验、知识和代码： 网址：https://yiweiniu.github.io/blog/2019/03/ATAC-seq-data-analysis-from-FASTQ-to-peaks/ 1.ATAC-seq概览 ATAC-seq（转座酶可及染色质高通量测序）是一种用于测定全基因组范围内染色质可及性的方法。它利用一种高活性的Tn5转座酶将测序接头插入到开放染色质区域。图：ATAC-seq overview(Buenrostro et al., 2015). 并且这些峰值看起来如下图所示：ATAC-seq peaks (Tsompana and Buck, 2014) ATAC-Seq可以用来： 生成表观基因组学特征 在不同组织或条件 ………………………………