转录组差异分析代码（4）R包TCGAbiolinks下载TCGA数据

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 完整代码脚本已分享于公众号内 本文继续学习下载TCGA数据，除了 转录组差异分析代码（1）数据读取与整理 一文介绍的基础方法与代码，还有更为推荐的代码方法：使用R包TCGAbiolinks 一、如果网络没问题 这段代码感兴趣自行研究，但不能因为网络问题下载不了数据而不分析了。所以详细介绍网络有问题该怎么办，请看下文的第二点 # 1.查看TCGA的33个project rm(list = ls()) library(TCGAbiolinks) library(stringr) library(SummarizedExperiment) #列出TCGA里面的33中癌症，有可能因为网络原因导致这一步报错 projs  < - getGDCprojects() $project_id  %>%    str_subset( "TCGA" ) projs # 2.下载并整理表达矩阵 # 如果网络有问题，连上面的projs都得不到，这步几乎也下载不了 # 如果网络可以，下载时间大概3-5min proj =  "TCGA-CHOL"   #不要手敲，从上面 ………………………………