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如果表达矩阵被归一化会发生什么

生信技能树  · 公众号  ·  · 2019-07-15 20:09

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事情起源于,某个 吃了很多汉堡王 一起学习的日子,技能树 一众学徒 一起学习从GEO数据挖掘到 limma 差异分析等等等。 选的数据集倒是很有、趣。依据原始表达矩阵随便画的热图是这样的👇(已经很整齐均一了 t(scale(t(x))) 归一化后,画出来是这样的👇 (已经美的不真实了 而且呢,logFC也高到惊人 checkFC  $logFC) checkFC # [1] -13.4823993  -0.5407014   0.1940622   0.6915652  13.0133092 所以其实这个表达矩阵是 已经归一化过 的。 为了探究事物的本质和宇宙奥义,拿一个优秀的、表现无异常的数据集,分别求由 原始矩阵 得出的logFC, 和由 归一化矩阵 的logFC, 看看 普通FC 和 诡异FC 之间存不存在规律/线性关系。 用来反推的数据集 GSE12452, 这里根据生信技能树GEO视频全R代码流 ………………………………

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