手把手教学｜如何利用Cytoscape软件构建相关性网络图

文章预览

一、写在前面 上一篇文章给大家介绍了STRING数据库与Cytoscape软件的联合应用，并初步介绍了Cytoscape软件的一些基础操作，但Cytoscape软件的功能并不局限于此。作为一个开源网络可视化和分析软件，Cytoscape软件的核心在于网络图的构建，那么当我们获取到相关数据后如何利用Cytoscape软件实现可视化作图并对其进行相应的美化呢？本文将进行详细的介绍。 二、 操作流程 注意：此处以miRNA-mRNA靶向对为例展开介绍 1．数据整理 获取到原始数据后，我们需要将原始数据整理为两个表格，其一为网络文件，其二为属性文件。 图1-1 网络文件   图1-2 属性文件 备注：在准备属性文件时，可删除重复项，点击“数据”→“重复项”→“删除重复项”即可。 2．导入数据 打开Cytoscape软件，点击“File”→“Import”→“Network from file”→打开网络文件（ 图2-1 ）；点击 ………………………………