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文章复现学习 | ROS(1)数据的下载与整理

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2024-10-06 20:00

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本文学习复现《Oxidative Stress Response Biomarkers of Ovarian Cancer Based on Single-Cell and Bulk RNA Sequencing》(基于单细胞和Bulk转录组的卵巢癌氧化应激反应生物标志物)一文中的图,其中Oxidative Stress Response缩写为ROS。文章包含了芯片、转录组、单细胞等技术,适合用来复现及学习 零、数据下载 文章的基因来源于17条与ROS相关的通路,但选择了一部分的基因来做而不是全部基因 图1 1.获取17条通路 我们了解一下文章的第15条参考文献《Characterization of ROS Metabolic Equilibrium Reclassifies Pan-Cancer Samples and Guides Pathway Targeting Therapy》(ROS代谢平衡的表征对泛癌样本进行重分类并指导通路靶向治疗),搜索关键词“17” 图2 点击Supplementary Table 1跳转如图3界面,点击第二个链接下载这17条通路 图3 文件内容如图4,只给了通路的名字, ………………………………

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