一个用于PROTAC虚拟设计的方法

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近日，来自印度Sravathi AI公司的团队在《ACS Omega》上发表了题为“PROTAC-Design-Evaluator (PRODE): An Advanced Method for In-Silico PROTAC Design”的论文，论文介绍了一种用于PROTAC虚拟设计的方法，取名为PROTAC-Design-Evaluator (PRODE)，通过该方法复现了已有的BRD4-VHL PROTAC的结合模式，并成功应用该方法设计了一个诱导FGFR1-MDM2互作的PROTAC。 该工作的第一部分是复现BRD4-VHL-PROTAC复合物（PDB ID: 8BDX）中的结合模式。首先，团队将BRD4和VHL分别与它们的配体对接，然后利用MEGADOCK 4.0工具对BRD4和VHL进行了蛋白-蛋白对接，对于打分高的蛋白-蛋白对接构象，分析配体间的相对距离，用于linker的设计。团队从PROTAC-DB数据库的linker中选出了符合8DBX的距离标准的linker，并用其连接两个配体，产生候选PROTAC分子。对于候选PROTAC分子，团队采用扭转扩散方法（torsional diffusion approach）生成了多 ………………………………