基于AlphaFold的环肽结构预测和设计

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加 星标 ，再也不怕错过更新！方法见文末动图。 环肽作为一类重要的生物活性分子，在药物研发和生物医学研究中具有巨大的潜力。它们独特的环状结构使其具有更高的稳定性、更优异的渗透性能和更长的半衰期，同时由于缺少游离的末端，环肽对外切蛋白酶和肽酶也更具抵抗力。然而，环肽的结构预测和设计一直面临着挑战，因为其结构与传统的蛋白质存在显著差异，且目前缺乏有效的计算方法。在此之前，David Baker组开发了基于kinetic closure算法和Rosetta序列设计的方法，但是这种方法计算成本过高，因为它需要对环肽结构主干和序列进行大量的循环采样。 为了克服环肽结构预测和设计的难题，2023年，来自华盛顿大学的 Gaurav Bhardwaj 和来自哈佛大学的 Sergey Ovchinnikov 发布了一种名为 AfCycDesign 的新方法。该方法基于 AlphaFold 深度学习网络，通过 ………………………………