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免疫浸润结果可视化

医学和生信笔记  · 公众号  ·  · 2024-11-15 08:00
    

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关注公众号,发送 R语言 或 python ,可获取资料 💡专注R语言在🩺生物医学中的使用 免费千人 🐧 QQ交流群:613637742 免疫浸润结果可视化 在之前的推文中我们介绍了2行代码实现9种免疫浸润方法,今天给大家介绍下常见的免疫浸润结果的可视化。 就以大家最常见的 cibersort 为例进行介绍。 首先大家要对每种免疫浸润方法的结果有一个大体的认知,比如 cibersort 的结果是各种免疫细胞在样本中的比例,所以一个样本中所有的免疫细胞比例加起来总和是1! 但是 ssGSEA 就不是这样了。 只有理解了结果是什么样的,你才能选择合适的可视化方法。 数就是图,图就是数 library (tidyHeatmap) library (tidyverse) library (RColorBrewer) # 首先变为长数据 cibersort_long  < - im_cibersort %>%    select(`P-value_CIBERSORT`,Correlation_CIBERSORT, RMSE_CIBERSORT,ID,everything()) %>%    pivot_longer(- c( 1 ………………………………

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